Dobrý den. Nejdříve je potřeba určit daňovou rezidenci zaměstnance. Ta se určí dle § 2 Zákona č.586/1992 Sb. o daních z příjmů a obdobného ustanovení v německých daňových předpisech. Dle českého Zákona o daních z příjmů je kritériem především bydliště resp. obvyklé zdržování se (alespoň 183 dnů v příslušném kalendářním roce). Pod pojmem bydliště se myslí místo, kde má poplatník stálý byt za okolností, z nichž lze usuzovat jeho úmysl trvale se v tomto bytě zdržovat. Jedná se o byt, který je poplatníkovi kdykoliv k dispozici podle jeho potřeby, ať již vlastní či pronajatý. Tento byt může být poplatníkem pronajat jiné osobě formou, která umožňuje podle potřeby poplatníka obnovení jeho užívání poplatníkem bez prodlevy. Úmysl poplatníka zdržovat se trvale ve stálém bytě se posuzuje vzhledem k okolnostem jeho osobního a rodinného stavu, tj má-li zde rovněž manželku, děti, či zda byt je využíván v návaznosti na jeho ekonomické aktivity (podnikání, zaměstnání).
Pokud je zaměstnanec současně považován za daňového rezidenta obou států (dle obou národních daňových zákonů) rezidence se určí dle čl. 4 (daňový domicil) smlouvy o zamezení dvojího zdanění uzavřené mezi SRN a ČR, která je daňovým zákonům obou zemí nadřazena.
Pokud je tedy zaměstnanec považován, dle výše uvedených kritérií, za rok 2011 za německého daňového rezidenta, je povinen zdanit své celosvětové příjmy v SRN dle německých daňových zákonů. To znamená, včetně příjmů ze zaměstnání v ČR. Pokud zaměstnanci vznikne v Německu povinnost podat daňové přiznání, domnívám se, že český zaměstnavatel nemá právo provést mu v ČR roční zúčtování záloh. Uvedené plyne z § 38ch odst. 1 Zákona o daních z příjmů.
Další z možností je, že zaměstnanec bude dle výšeuvedeného považován za českého daňového rezidenta. V tomto případě poplatníkovi vznikne povinnost přiznat v ČR své celosvětové příjmy, včetně těch ze zaměstnání v SRN. Tyto příjmy se ale v ČR vyjímají ze zdanění dle §38f odst. 4 Zákona o daních z příjmů a čl.23 odst.2 písm. a), vynětí se provede v daňovém přiznání k dani z příjmů fyzických osob, které je zaměstnanec povinen v ČR podat. Český zaměstnavatel tedy nemá právo zaměstnanci vykonat roční zúčtování záloh.Další možností je, že bude zaměstnanec považován za část roka za daňového rezidenta ČR a za část roka za daňového rezidenta SRN. Jedině v tomto případě by ročné zúčtování záloh českým zaměstnavatelem připadalo do úvahy. Z výšeuvedeného je zřejmé, že způsob zdanění zaměstnance závisí od více faktorů a okolností, především od určení daňové rezidence, což není jednoduchou záležitostí.